= General backlog =

[[TOC()]]

Backlogs per app:
* [wiki:Catalogue apps/catalogue]
* [wiki:AdbPrivate/DevDiary apps/animaldb]
* [wiki:MolgenisAppStories apps/lifelines and apps/xqtl] and [wiki:AppResearchPortal apps/lifelines]
* [wiki:xQTLBioinformaticianReview apps/xqtl] and [wiki:xQTLUserReview apps/xqtl]

Backlogs per module:
* [wiki:Modules/Matrix modules/matrix]
* [wiki:AuthModule modules/auth] and [wiki:Modules/AuthModule/WishList modules/auth]
* [wiki:GBrowse modules/genomebrowser]
== As PLINK user I want... ==
* download plink genotype file
* create plink file in background via quartz
* disable f5-en
* have plink file created faster

== As matrix developer I want ==

* Specify what columns to show

== As a matrix user I want... ==
* view geno data just as pheno data
* download geno data to plink file
* to filter on 'null' (not existent observedvalue)
* to know what protocol measurement comes from (nu zie je alleen measurements)
* type safe 'date' filter
* see tooltip for column headers
* have a matrix of 0 columns (only patient ids)
* maximum on 'limit' (so can't load everything)
* not see patients that have no values at all (?)
* group headers per protocol (evt tree)
* have 'pa_id' => 'name'
* export all spss zonder demo versie (licentie betalen)
* label spss codebook
* toggle to show labels or values for categorical
* I want to have rich html in my values (so I can could make a 'create litter' action)
* I want to hover values to see details
* I want to see targetproperties as column (e.g. Location.endtime) so I can filter on that
* I want to highlight newly added records

== As PLINK user I want... ==
* create plink file in background via quartz
* disable f5-en
* have plink file created faster

== As catalogue user I want ... ==
* data requests to be stored in the database and sent per email
* to follow my data request (track, need to copy paper submission)
* have 'delete' on my selections
* download measurements via simple user interface

== As Measurement user I want to ... ==
* use 'xref(Individual)' as a dataType
* create a xref filter, e.g. TypeOfGroup=Species

== As a location manager... ==
* I want manage locations in treeview

== As a developer I want ... ==
* FreemarkerWidget so I can inject freemarker anywhere in my java user interface

== As in-house pipeline user I want the following ==
Oplossen van:
* Probleem: Marcel en Wil kan nog niet bij umcg queue. Gaan we oplossen via 'gcc' user.
* Probleem: problemen met argumenten, foutmeldingen beter
* Probleem: analyse run nummer lijkt hard gecodeerd (argument)
* Probleem: als je niet alle argumenten worden gegeven krijg je dan goede foutmelden, en zijn er args gegeven die ie niet snapt
* Probleem: runnen moet nu per project zodat scripts netjes gescheiden
* Probleem: Filteren met google docs gaat niet altijd zoals verwacht want je moet eerst alles selecteren
* Probleem: Er kwam geen QC mapje want per project moet je alles/niets concordance hebben

Besluiten:
* Besluit: Jobslog op een logische plek; bijvoorbeeld van hematologie. Beslissing: in de jobs directory.
* Besluit: Outputs per sample wegschrijven in subfolder intermediate. => dus daarvoor parameters.csv aanpassen (maar eerst kijken of we niet protocollen moet checken).
* Besluit: Demultiplexing moet voor alle samples, discarded reads in edemultiplexinfo. Aanpassen zodat de '_discarded' in zelfde rawdata/run/flowcell dir komt als '_barcode'.
* Besluit: jobnamen willen we graag de 'target' in de jobnaam (dus dan moet dependency via nummertjes). Maakt eenvoudiger om jobs te monitoren en te debuggen
* Besluit: release cycle waarin elke vier weken  SOP + code opnieuw wordt uitgeleverd + test set.
* Besluit: afwijkingen op het SOP tijdens het runnen worden in een readme per project bijgehouden
* Besluit: alle analyses gaan runnen onder 'gcc' user vanwege permissies. Dit moet (a) via su gcc of (b) via keys makkelijk worden.
* Vraag: kan dat ook voor millipede???
* Besluit: moeten Marcel, Wil en Martijn up to speed brengen met database progress

Naast bovenstaande, eerste acties:
* demultiplex pipeline maken en runnen voor alle samples.
* generator maken om 'per project' worksheets te maken