= Notes on meeting 2010-02-09 =

== Doel 1: GWAS pipeline opzetten op maat voor de GWASses die eraan zitten tekomen ==
 * Actie: uitzoeken welke phenotypes voor de eerste GWAS?
 * Actie: welke preciese GWAS protocollen zijn nodig = design pipeline(s)
 * Actie: wie gaat precies de analyse en daaropvolgende interpretatie doen (leidend voor nerdvriendelijke dan wel doktervriendelijke interfaces)?
=> Wordt afgestemd met wetenschapscommissie, ihbz Bruce (WIE TREKT DIT?)

== Doel 2: Vergelijkend onderzoek GWAS 'portal' voor desktop gebruikers ==
 * Hypothese: we hebben twee infrastructuren nodig namelijk (i) voor programmeurs en (ii) gebruikersvriendelijke portal met voorgekookte tools
 * Hypothese: de gebruikersvriendelijke versie kunnen we wellicht beter kopen -> vandaar deze analyse
 * Actie: aanvullen comparison analyse Andre -> Taverna, RAPID, ABEL, Lude en diverse processing portals zoals P-Lite. Daarnaast ongoing work George (GridGain).
 * Actie: toevoegen hyperlinks en literatuur referenties
 * Actie: verkennen welke protocollen en software men (a) elders in BBMRI-NL (b) bij Sanger, (c) deCODE gebruikt.
 * Actie: Morris komt met naam voor assistent Andre => Erik Roos & Pim van Harst (?)
=> Andre en Morris stemmen dit verder af.

== Doel 3: in hoeverre kan data worden gezien door gebruikers LifeLines cohort ==
 * Hypothese: ruwe data mag wel getoond maar niet geprint/ge-exporteerd
 * Hypothese: het is voldoende als alle acties worden gelogd.
 * Discussie: Sommigen (zoals Stolk) zeggen dat er geen listings getoond mogen worden
 * Dat betekent dat we geen SPSS, Stat etc kunnen gebruiken maar alleen voorgekookte pipelines
 * Dat zou weinig flexibel zijn, kost handen vol geld.
 * Discussie: Anderen (zoals Bruce) zeggen dat het voldoende is als data niet geprint/geexporteerd kan worden zonder toestemming
=> Andre en Hans sluiten dit kort met Bruce en board.

== Doel 4: architectuur plaatje ==
 * Actie: Inventarisatie wat er nu is; wat men verwacht dat er zal zijn; hoe divers is die lappendeken eigenlijk?
 * Actie: Hoe te zorgen voor interoperabiliteit
 * Hypothese: een web service architectuur + aantal standaard formatten is alles wat we nodig hebben?
 * Actie: Hoe te zorgen voor maintainability
 * Discussie: hoe erg is het als een deel in Python, deel in C#, deel in Java?
 * Actie: Bijeenkomst met: Arthur, Rene, Morris, (Andre, George), Edzer, iemand van ziekenhuis, iemand uit de werkgroep onderzoeksinformatisering
=> Arthur neemt actie.