| | 62 | |
| | 63 | == As in-house pipeline user I want the following == |
| | 64 | Oplossen van: |
| | 65 | * Probleem: Marcel en Wil kan nog niet bij umcg queue. Gaan we oplossen via 'gcc' user. |
| | 66 | * Probleem: problemen met argumenten, foutmeldingen beter |
| | 67 | * Probleem: analyse run nummer lijkt hard gecodeerd (argument) |
| | 68 | * Probleem: als je niet alle argumenten worden gegeven krijg je dan goede foutmelden, en zijn er args gegeven die ie niet snapt |
| | 69 | * Probleem: runnen moet nu per project zodat scripts netjes gescheiden |
| | 70 | * Probleem: Filteren met google docs gaat niet altijd zoals verwacht want je moet eerst alles selecteren |
| | 71 | * Probleem: Er kwam geen QC mapje want per project moet je alles/niets concordance hebben |
| | 72 | |
| | 73 | Besluiten: |
| | 74 | * Besluit: Jobslog op een logische plek; bijvoorbeeld van hematologie. Beslissing: in de jobs directory. |
| | 75 | * Besluit: Outputs per sample wegschrijven in subfolder intermediate. => dus daarvoor parameters.csv aanpassen (maar eerst kijken of we niet protocollen moet checken). |
| | 76 | * Besluit: Demultiplexing moet voor alle samples, discarded reads in edemultiplexinfo. Aanpassen zodat de '_discarded' in zelfde rawdata/run/flowcell dir komt als '_barcode'. |
| | 77 | * Besluit: jobnamen willen we graag de 'target' in de jobnaam (dus dan moet dependency via nummertjes). Maakt eenvoudiger om jobs te monitoren en te debuggen |
| | 78 | * Besluit: release cycle waarin elke vier weken SOP + code opnieuw wordt uitgeleverd + test set. |
| | 79 | * Besluit: afwijkingen op het SOP tijdens het runnen worden in een readme per project bijgehouden |
| | 80 | * Besluit: alle analyses gaan runnen onder 'gcc' user vanwege permissies. Dit moet (a) via su gcc of (b) via keys makkelijk worden. |
| | 81 | * Vraag: kan dat ook voor millipede??? |
| | 82 | * Besluit: moeten Marcel, Wil en Martijn up to speed brengen met database progress |
| | 83 | |
| | 84 | Naast bovenstaande, eerste acties: |
| | 85 | * demultiplex pipeline maken en runnen voor alle samples. |
| | 86 | * generator maken om 'per project' worksheets te maken |
