• When importing bbmri mysql table , table structures change --> exception .
  • ​Try to export / import one table at a time : mysqldump5 -u root -p bbmri biobank >biobank.mysql / mysqldump5 -u root -p bbmri_old biobank >biobank.mysql / mysql5 -u root -p bbmri < biobank.mysql / mysql5 -u root -p bbmri < ontologyTerm.mysql
• org.molgenis.framework.db.DatabaseException: Unknown column 'OntologyTerm.__Type' in 'where clause'
  • Was this produced after the import ? (generate gcc, update db -> test if it is shown --> import -> test if it's there)
  • So this is the problem: 
  • * mysql> describe OntologyTerm;
  • +---------------+--------------------------------+------+-----+---------+----------------+
  • | Field         | Type                           | Null | Key | Default | Extra          |
  • +---------------+--------------------------------+------+-----+---------+----------------+
  • | id            | int(11)                        | NO   | PRI | NULL    | auto_increment |
  • | name          | varchar(127)                   | NO   |     | NULL    |                |
  • | __Type        | enum('OntologyTerm','Species') | NO   |     | NULL    |                |
  • | ontology      | int(11)                        | YES  | MUL | NULL    |                |
  • | termAccession | varchar(255)                   | YES  |     | NULL    |                |
  • | definition    | varchar(255)                   | YES  |     | NULL    |                |
  • | termPath      | varchar(1024)                  | YES  |     | NULL    |                |
  • +---------------+--------------------------------+------+-----+---------+----------------+
  • 7 rows in set (0.04 sec)
  • mysql> describe bbmri_old.OntologyTerm;
  • +---------------+--------------+------+-----+---------+----------------+
  • | Field         | Type         | Null | Key | Default | Extra          |
  • +---------------+--------------+------+-----+---------+----------------+
  • | id            | int(11)      | NO   | PRI | NULL    | auto_increment |
  • | term          | varchar(255) | NO   |     | NULL    |                |
  • | ontology      | int(11)      | YES  | MUL | NULL    |                |
  • | termAccession | varchar(255) | YES  |     | NULL    |                |
  • | definition    | varchar(255) | YES  |     | NULL    |                |
  • +---------------+--------------+------+-----+---------+----------------+
  • 5 rows in set (0.01 sec) *