Notes on meeting 2010-02-09

Doel 1: GWAS pipeline opzetten op maat voor de GWASses die eraan zitten tekomen

• Actie: uitzoeken welke phenotypes voor de eerste GWAS?
• Actie: welke preciese GWAS protocollen zijn nodig = design pipeline(s)
• Actie: wie gaat precies de analyse en daaropvolgende interpretatie doen (leidend voor nerdvriendelijke dan wel doktervriendelijke interfaces)?

=> Wordt afgestemd met wetenschapscommissie, ihbz Bruce (WIE TREKT DIT?)

Doel 2: Vergelijkend onderzoek GWAS 'portal' voor desktop gebruikers

• Hypothese: we hebben twee infrastructuren nodig namelijk (i) voor programmeurs en (ii) gebruikersvriendelijke portal met voorgekookte tools
• Hypothese: de gebruikersvriendelijke versie kunnen we wellicht beter kopen -> vandaar deze analyse
• Actie: aanvullen comparison analyse Andre -> Taverna, RAPID, ABEL, Lude en diverse processing portals zoals P-Lite. Daarnaast ongoing work George (GridGain?).
• Actie: toevoegen hyperlinks en literatuur referenties
• Actie: verkennen welke protocollen en software men (a) elders in BBMRI-NL (b) bij Sanger, (c) deCODE gebruikt.
• Actie: Morris komt met naam voor assistent Andre => Erik Roos & Pim van Harst (?)

=> Andre en Morris stemmen dit verder af.

Doel 3: in hoeverre kan data worden gezien door gebruikers LifeLines cohort

• Hypothese: ruwe data mag wel getoond maar niet geprint/ge-exporteerd
• Hypothese: het is voldoende als alle acties worden gelogd.
• Discussie: Sommigen (zoals Stolk) zeggen dat er geen listings getoond mogen worden
• Dat betekent dat we geen SPSS, Stat etc kunnen gebruiken maar alleen voorgekookte pipelines
• Dat zou weinig flexibel zijn, kost handen vol geld.
• Discussie: Anderen (zoals Bruce) zeggen dat het voldoende is als data niet geprint/geexporteerd kan worden zonder toestemming

=> Andre en Hans sluiten dit kort met Bruce en board.

Doel 4: architectuur plaatje

• Actie: Inventarisatie wat er nu is; wat men verwacht dat er zal zijn; hoe divers is die lappendeken eigenlijk?
• Actie: Hoe te zorgen voor interoperabiliteit
• Hypothese: een web service architectuur + aantal standaard formatten is alles wat we nodig hebben?
• Actie: Hoe te zorgen voor maintainability
• Discussie: hoe erg is het als een deel in Python, deel in C#, deel in Java?
• Actie: Bijeenkomst met: Arthur, Rene, Morris, (Andre, George), Edzer, iemand van ziekenhuis, iemand uit de werkgroep onderzoeksinformatisering

=> Arthur neemt actie.