Changes between Version 39 and Version 40 of MolgenisAppStories

Timestamp:

2011-11-25T17:26:22+01:00 (14 years ago)

Author:

Erik Roos

Comment:

--

MolgenisAppStories

@@ -105 +105 @@
 === We must be able to initiate a GWAS run from the Research Portal ===
 
+Proposed flow by Morris:
+
+precondition:
+* De research portal heeft toegang tot een genofile (meteen plink
+format + binary format) met daarin dezelfde individual pseudonyms als
+in de pheno database. Of kunnen we hier beter alleen de xQTL binary
+file voor gebruiken?
+* Deze genodata wordt dus vooraf al per research portal met de juiste
+pseudoniemen klaargezet (=SOP genodata). De portal hoeft dus niet zelf
+de pseudonimisatie te raadplegen.
+* De VM draait direct bovenop het cluster en heeft via dat cluster
+toegang tot GPFS. Elke research portal heeft dus een folder zoiets als
+/gpfs/target/lifelines/study1/rawdata/study1.bed
+
+logica:
+* Als de gebruiker het phenotype heeft geselecteerd gaat programma
+dus, gegeven lijst van individuen, de gehele bed (?) file doorlopen en
+(1) rijen weglaten van individuals die niet in de view zitten en (2)
+de pheno kolom aanpassen met het juiste phenotype.
+* Implementatie is afhankelijk van hoe lang dit proces duurt. Is het
+'klaar terwijl je wacht' dan kan het gewoon als plugin. Anders moet
+het via MOLGENIS compute zoals Joeri beschrijft. Output:
+/gpfs/target/lifelines/study1/results/myselection1.bed
+
 Acceptance criteria:
 * List of individuals and selected phenotype are passed from the Portal