| 110 | | * De research portal heeft toegang tot een genofile (meteen plink |
| 111 | | format + binary format) met daarin dezelfde individual pseudonyms als |
| 112 | | in de pheno database. Of kunnen we hier beter alleen de xQTL binary |
| 113 | | file voor gebruiken? |
| 114 | | * Deze genodata wordt dus vooraf al per research portal met de juiste |
| 115 | | pseudoniemen klaargezet (=SOP genodata). De portal hoeft dus niet zelf |
| 116 | | de pseudonimisatie te raadplegen. |
| 117 | | * De VM draait direct bovenop het cluster en heeft via dat cluster |
| 118 | | toegang tot GPFS. Elke research portal heeft dus een folder zoiets als |
| 119 | | /gpfs/target/lifelines/study1/rawdata/study1.bed |
| | 110 | * De research portal heeft toegang tot een genofile (meteen plink format + binary format) met daarin dezelfde individual pseudonyms als in de pheno database. Of kunnen we hier beter alleen de xQTL binary file voor gebruiken? |
| | 111 | * Deze genodata wordt dus vooraf al per research portal met de juiste pseudoniemen klaargezet (=SOP genodata). De portal hoeft dus niet zelf de pseudonimisatie te raadplegen. |
| | 112 | * De VM draait direct bovenop het cluster en heeft via dat cluster toegang tot GPFS. Elke research portal heeft dus een folder zoiets als /gpfs/target/lifelines/study1/rawdata/study1.bed |
| 122 | | * Als de gebruiker het phenotype heeft geselecteerd gaat programma |
| 123 | | dus, gegeven lijst van individuen, de gehele bed (?) file doorlopen en |
| 124 | | (1) rijen weglaten van individuals die niet in de view zitten en (2) |
| 125 | | de pheno kolom aanpassen met het juiste phenotype. |
| 126 | | * Implementatie is afhankelijk van hoe lang dit proces duurt. Is het |
| 127 | | 'klaar terwijl je wacht' dan kan het gewoon als plugin. Anders moet |
| 128 | | het via MOLGENIS compute zoals Joeri beschrijft. Output: |
| 129 | | /gpfs/target/lifelines/study1/results/myselection1.bed |
| | 115 | * Als de gebruiker het phenotype heeft geselecteerd gaat programma dus, gegeven lijst van individuen, de gehele bed (?) file doorlopen en (1) rijen weglaten van individuals die niet in de view zitten en (2) de pheno kolom aanpassen met het juiste phenotype. |
| | 116 | * Implementatie is afhankelijk van hoe lang dit proces duurt. Is het 'klaar terwijl je wacht' dan kan het gewoon als plugin. Anders moet het via MOLGENIS compute zoals Joeri beschrijft. Output: /gpfs/target/lifelines/study1/results/myselection1.bed |
