| | 1 | = Notes on meeting 2010-02-09 = |
| | 2 | |
| | 3 | == Doel 1: GWAS pipeline opzetten op maat voor de GWASses die eraan zitten tekomen == |
| | 4 | * Actie: uitzoeken welke phenotypes voor de eerste GWAS? |
| | 5 | * Actie: welke preciese GWAS protocollen zijn nodig = design pipeline(s) |
| | 6 | * Actie: wie gaat precies de analyse en daaropvolgende interpretatie doen (leidend voor nerdvriendelijke dan wel doktervriendelijke interfaces)? |
| | 7 | => Wordt afgestemd met wetenschapscommissie, ihbz Bruce (WIE TREKT DIT?) |
| | 8 | |
| | 9 | == Doel 2: Vergelijkend onderzoek GWAS 'portal' voor desktop gebruikers == |
| | 10 | * Hypothese: we hebben twee infrastructuren nodig namelijk (i) voor programmeurs en (ii) gebruikersvriendelijke portal met voorgekookte tools |
| | 11 | * Hypothese: de gebruikersvriendelijke versie kunnen we wellicht beter kopen -> vandaar deze analyse |
| | 12 | * Actie: aanvullen comparison analyse Andre -> Taverna, RAPID, ABEL, Lude en diverse processing portals zoals P-Lite. Daarnaast ongoing work George (GridGain). |
| | 13 | * Actie: toevoegen hyperlinks en literatuur referenties |
| | 14 | * Actie: verkennen welke protocollen en software men (a) elders in BBMRI-NL (b) bij Sanger, (c) deCODE gebruikt. |
| | 15 | * Actie: Morris komt met naam voor assistent Andre => Erik Roos & Pim van Harst (?) |
| | 16 | => Andre en Morris stemmen dit verder af. |
| | 17 | |
| | 18 | == Doel 3: in hoeverre kan data worden gezien door gebruikers LifeLines cohort == |
| | 19 | * Hypothese: ruwe data mag wel getoond maar niet geprint/ge-exporteerd |
| | 20 | * Hypothese: het is voldoende als alle acties worden gelogd. |
| | 21 | * Discussie: Sommigen (zoals Stolk) zeggen dat er geen listings getoond mogen worden |
| | 22 | * Dat betekent dat we geen SPSS, Stat etc kunnen gebruiken maar alleen voorgekookte pipelines |
| | 23 | * Dat zou weinig flexibel zijn, kost handen vol geld. |
| | 24 | * Discussie: Anderen (zoals Bruce) zeggen dat het voldoende is als data niet geprint/geexporteerd kan worden zonder toestemming |
| | 25 | => Andre en Hans sluiten dit kort met Bruce en board. |
| | 26 | |
| | 27 | == Doel 4: architectuur plaatje == |
| | 28 | * Actie: Inventarisatie wat er nu is; wat men verwacht dat er zal zijn; hoe divers is die lappendeken eigenlijk? |
| | 29 | * Actie: Hoe te zorgen voor interoperabiliteit |
| | 30 | * Hypothese: een web service architectuur + aantal standaard formatten is alles wat we nodig hebben? |
| | 31 | * Actie: Hoe te zorgen voor maintainability |
| | 32 | * Discussie: hoe erg is het als een deel in Python, deel in C#, deel in Java? |
| | 33 | * Actie: Bijeenkomst met: Arthur, Rene, Morris, (Andre, George), Edzer, iemand van ziekenhuis, iemand uit de werkgroep onderzoeksinformatisering |
| | 34 | => Arthur neemt actie. |
| | 35 | |
